Um grupo de pesquisadores do Instituto Garvan de Pesquisa Médica e do Kirby Institute da Universidade de Kensington, na Austrália, desenvolveu a mais rápida estratégia de sequenciamento de genoma do coronavírus registrada até hoje. Esse avanço tecnológico tem o potencial de fornecer pistas críticas e oportunas sobre como os casos de infecção por Sars-CoV-2 estão relacionados.
Uma validação analítica e diretrizes de melhores práticas para o sequenciamento Nanopore do vírus foi publicada em 10 de dezembro na revista científica Nature Communications. O objetivo é possibilitar maior aceitação da tecnologia de sequenciamento rápido para iniciativas de saúde em outros países.
Como funciona
De acordo com a coautora do estudo, a professora Rowena Bull do Kirby Institute, cada vez que o Sars-CoV-2 passa de uma pessoa para outra pode cometer erros de cópia que alteram algumas de suas 30 mil letras genéticas. “Identificando essa variação, podemos estabelecer como diferentes casos de coronavírus estão ligados”, explica.
Segundo Bull, o teste genômico é crucial para rastrear a transmissão do vírus nos casos em que a fonte permanece obscura. “Ao reconstruir a história evolutiva do vírus, ou seja, sua ‘árvore genealógica’, podemos compreender os comportamentos que ajudam a espalhar a covid-19 e identificar os chamados ‘superpropagadores'”, completa.
Como explica o autor sênior da pesquisa, Dr. Ira Deveson, chefe do grupo de tecnologias genômicas do Instituto Garvan, quando um novo caso “misterioso” de coronavírus é identificado, cada minuto conta: “Reaproveitamos nossos recursos de sequenciamento genômico para permitir uma análise rápida do genoma de um coronavírus em apenas algumas horas”.
Poder localizar a transmissão do Sars-CoV-2 rapidamente é crucial, pois potencializa a capacidade de ação dos rastreadores de contato o quanto antes para colocar em quarentena e monitorar contatos potenciais. Os pesquisadores do Garvan ajustaram os protocolos das tecnologias Nanopore para sequenciar o vírus em menos de quatro horas.
O que são Nanopores
Segundo definição da Nature Research, nanoporos são poros em nanoescala em materiais eletricamente isolantes usados para estudar as propriedades físicas de biomoléculas medindo mudanças na corrente conforme o trânsito de moléculas individuais. Os arranjos de nanopore são construídos a partir de proteínas de canal em membranas lipídicas ou de poros padronizados em materiais sintéticos e podem sequenciar DNA ou caracterizar dobramento de proteínas.
O método padrão ouro atual consegue ler sequências genéticas curtas de apenas 100 a 150 letras genéticas por vez, enquanto as tecnologias Nanopore não têm limite superior para o comprimento dos fragmentos de DNA, que podem ser sequenciados e são capazes de determinar mais rapidamente a sequência completa de um genoma viral.
Alta precisão
A análise dos pesquisadores revelou que o método de sequenciamento Nanopore é altamente preciso (as variantes foram detectadas com > 99% de sensibilidade e > 99% de precisão em 157 amostras de pacientes positivos para covid-19) e fornece diretrizes de melhores práticas. Os envolvidos esperam promover a adoção da tecnologia por outras equipes globalmente.
Os cientistas afirmam que o sequenciamento Nanopore tem até o potencial de aprimorar a vigilância do Sars-CoV-2, permitindo o sequenciamento no ponto de atendimento e melhores tempos de resposta para casos críticos. Segundo Deveson, os dispositivos Nanopore são mais baratos, rápidos, portáteis e não requerem a infraestrutura de laboratório necessária para as ferramentas de análise genômica de patógenos padrão atuais. “Esperamos que a nossa validação desse protocolo ajude outras equipes de saúde pública em todo o mundo a adotarem essa tecnologia.”, afirmam.
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Fontes: Science Daily e Nature Communications
